Il periodo ottimale per l'avvio delle campagne di vaccinazione antinfluenzale è, per la nostra situazione climatica e per l'andamento  mostrato dalle epidemie influenzali in Italia, quello autunnale, a partire dalla metà di ottobre fino alla fine di novembre.
In linea generale, sulla scorta delle variazioni climatiche degli ultimi anni, onde evitare una diminuzione del tasso anticorpale dopo un periodo di tre mesi dalla vaccinazione, si consiglia di non vaccinare troppo in anticipo rispetto al periodo previsto per l'arrivo dell'epidemia influenzale.  E' preferibile iniziare a vaccinare da metà ottobre in poi.

L'inoculazione del vaccino influenzale non provoca generalmente effetti collaterali di rilievo; in alcuni casi si possono manifestare, nella zona di inoculazione, lievi reazioni cutanee locali (arrossamento, gonfiore) di breve durata (massimo 48 ore), queste reazioni possono essere piu' vivaci e di piu' lunga durata nel caso di utilizzo di vaccini contenenti sostanze adiuvanti .
Il vaccino contiene solo virus inattivati (uccisi) o sue parti, quindi non può provocare sintomi influenzali. Tuttavia, a volte, soprattutto quando il soggetto non ha avuto precedentemente alcun contatto con il virus influenzale, è possibile che, a distanza di 6-12 ore dalla vaccinazione, compaiano sintomi di tipo influenzale (febbre, dolori muscolari, mal di testa, brividi) in forma molto attenuata e transitoria (massimo 48 ore).
Reazioni allergiche immediate (orticaria, asma) sono generalmente dovute ad ipersensibilità alle proteine dell'uovo, contenute nel vaccino in quantità minima.

La vaccinazione antinfluenzale non interferisce con altre vaccinazioni; è sufficiente utilizzare siringhe diverse e praticare l'inoculazione in sedi diverse. Come precauzione, è meglio evitare di sottoporsi alla vaccinazione  in corso di episodi  febbrili.
Non è controindicata se sono presenti infezioni minori delle vie respiratorie (raffreddore). E'  controindicata a chi è allergico alle proteine dell'uovo, anche se presenti nel vaccino in quantità minima.
L'efficacia del vaccino dipende dall'efficacia della risposta anticorpale, questo significa che se il sistema immunitario è compromesso, a causa di terapie specifiche o di patologie in atto, l'immunità conferita dalla vaccinazione potrebbe non essere adeguata.
I farmaci a base di cortisone, che deprimono la risposta immunitaria, non sono incompatibili con la vaccinazione a meno che siano usati per via sistemica  ad alti dosaggi. Nel caso di malattie autoimmuni (sclerosi sistemica progressiva, artrite reumatoide, lupus etc), poiché la vaccinazione stimola comunque l'attività immunitaria, è necessario valutare caso per caso l'opportunità di effettuare la vaccinazione. Non ci sono rischi o controindicazioni evidenziate in letteratura internazionale per la vaccinazione delle donne in gravidanza o per quelle che stanno allattando le quali, inoltre, sembrano correre un rischio superiore al normale di sviluppare complicanze a seguito dell'influenza. D''altra parte, in linea generale, è consigliabile evitare più possibile i trattamenti farmacologici di qualsiasi tipo durante il primo trimestre di gravidanza. Anche per quanto riguarda le persone sieropositive per il virus dell'AIDS, non vi sono controindicazioni.